เมื่อวันที่ 18 ก.พ. หลังจากเจ้าหน้าที่ ดีเอสไอ ตำรวจและทหารนำกำลังกว่า 4 พันนาย เข้าปิดล้อมตรวจค้นโดยรอบวัดพระธรรมกาย จ.ปทุมธานี หลังพล.อ.ประยุทธ์ จันทร์โอชา นายกฯ และหัวหน้า คสช. ใช้อำนาจตามมาตรา 44 ประกาศให้รอบวัดเป็นพื้นที่ควบคุม แต่จากการตรวจค้นไม่พบตัวพระธัมมชโย แต่เจออุโมงค์ลับยาว 3 ก.ม. ตามที่เคยเสนอข่าวไปแล้วนั้น
สำหรับความคืบหน้า บริเวณประตู 7 ทางเข้าวัดพระธรรมกาย รวมถึงบริเวณทางเข้าจุดอื่นยังคงถูกปิดและมีตำรวจควบคุม ฝูงชนยืนคุมสถานการณ์ โดยอนุญาตให้ พระสงฆ์ผ่านเข้าออกประตู 5 และ 6 เพื่อออกไปบิณฑบาตในตอนเช้า ซึ่งสถานการณ์ โดยรวมค่อนข้างผ่อนคลายกว่า 2 วันที่ ผ่านมา
ส่วนปฏิบัติการในวันที่ 3 เจ้าหน้าที่ ดีเอสไอและตำรวจยังคงตรวจค้นภายในวัดพระธรรมกายบางจุด รวมถึงบริเวณรอบวัดใกล้เคียง จากนั้นพ.ต.ต.สุริยา สิงหกมล รอง อธิบดีเอสไอ นำกำลังเจ้าหน้าที่ 2 กองร้อยพร้อมเจ้าหน้าที่นิติวิทยาศาสตร์ เข้าตรวจค้นภายในกุฏิดาวดึงส์ ที่คาดว่าพระธัมมชโยใช้พักอาศัยอยู่อีกรอบ เพื่อตรวจสอบเครื่องมือทางการแพทย์ โดยเฉพาะเครื่องไฮเปอร์ แบริก แชมเบอร์ ที่ตั้งอยู่ภายในกุฏิ ซึ่งเป็นเครื่องเติมออกซิเจนให้เซลล์ต่างๆ ในร่างกาย จากนั้นเจ้าหน้าที่ตรวจสอบที่มาของเครื่อง ไฮเปอร์แบริก แชมเบอร์ พบถูกส่งมาจากโรงพยาบาลชื่อดังแห่งหนึ่ง ก่อนเร่งตรวจสอบ เช็ กว่าเครื่องดังกล่าวใช้งานครั้งล่าสุดเมื่อใด พร้อมเก็บลายนิ้วมือแฝงและดีเอ็นเอที่อยู่บนเครื่องไปตรวจสอบว่ามีของพระธัมมชโยติดอยู่ที่เครื่องหรือไม่ ก่อนยึดเครื่องดังกล่าวไว้
จากนั้นเจ้าหน้าที่อีกชุดเข้าตรวจค้นหมู่บ้านตะวันธรรมของวัดพระธรรมกาย แต่พบเพียงพระสงฆ์ชาวเมียนมา 3 รูปอยู่ในพื้นที่ดังกล่าว และไม่พบหลักฐานที่เกี่ยวข้องกับพระธัมมชโย
ต่อมาในช่วงสาย บริเวณประตู 7 พระสนิทวงศ์ วุฒิวังโส ผอ.สำนักสื่อสารองค์กร วัดพระธรรมกาย เดินทางมาขออนุญาตตำรวจ ซึ่งเฝ้ารักษาการณ์อยู่บริเวณด้านหน้า เพื่อพาพระสงฆ์ 2 รูปและฆราวาสซึ่งโดยสารมาในรถตู้ 3 คันและรถกระบะ 1 คัน ออกไปทำภารกิจด้านนอกวัด ซึ่งตำรวจได้ขอให้ลงจากรถ เพื่อถ่ายภาพทำประวัติก่อนอนุญาตให้เดินทางออกไป
พระสนิทวงศ์กล่าวว่า บรรยากาศเริ่มคลายตัวลงเริ่มดีขึ้นเป็นลำดับ เริ่มปรองดองมากขึ้น ซึ่งได้รับการประสานจากดีเอสไอว่าจะเข้ามาขอตรวจสอบเครื่องไฮเปอร์แบริก แชมเบอร์ ซึ่งขอชี้แจงว่าเป็นเครื่องเพิ่มปริมาณออกซิเจนในเลือดให้ผู้ป่วยที่มีปัญหาเกี่ยวกับการไหลเวียนของเลือดเท่านั้น ไม่ใช่เครื่องทำเบบี้เฟซตามที่มีการเผยแพร่ผ่านสื่อโซเชี่ยล ซึ่งเครื่องนี้มีลูกศิษย์นำมาถวาย เพราะเป็นห่วงสุขภาพ ส่วนเรื่องอุโมงค์ลับในวัดที่พบและเป็นข่าวนั้น ยืนยันเป็นเพียงทางเดินใต้น้ำตกและเป็นจุดที่ตั้งของเครื่องสูบน้ำที่ใช้ภายในเท่านั้น
"อาตมาอยากจะขอเรียกร้องให้ยกเลิกมาตรา 44 ซึ่งจะทำให้ประชาชนกว่า 10 หมู่บ้านที่พักอาศัยอยู่โดยรอบวัดได้ดำเนินชีวิตตามปกติ ส่วนเรื่องของอาหารยอมรับว่าเริ่มไม่สะดวก เนื่องจากมีการตั้งด่านตรวจตราของเจ้าหน้าที่ที่เข้มงวด ทำให้ผู้ที่จะนำอาหารเข้ามาเกิดความไม่สะดวก ซึ่งภายในวัดมีทั้งพระและฆราวาสร่วม 2,000 ชีวิต ที่เข้ามาสวดมนต์ ก็ยอมรับว่าเริ่มขาดๆ บ้าง ลำพังพระก็แค่ 2 มื้อก็ไม่ค่อยมีปัญหามากนัก ซึ่งโดยตลอด 2 วันที่ผ่านมา พระและ เจ้าหน้าที่ได้ร่วมเดินตรวจกันในทุกจุดทุกพื้นที่ ทุกตึกทุกมุม ซึ่งก็เข้าใจในการปฏิบัติหน้าที่ของเจ้าหน้าที่ และยังดีที่มีคณะกรรมการสิทธิฯ ได้เข้ามาช่วยดูแลการทำงานของเจ้าหน้าที่อีกชั้น เพื่อป้องกันการกระทำผิดกฎหมายการละเมิดสิทธิมนุษยชน" พระสนิทวงศ์กล่าว
จากนั้นในช่วงเย็น พ.ต.ท.สุริยา สิงหกมล รองอธิบดีดีเอสไอ นำกำลังเข้าตรวจสอบวัดพระธรรมกาย บริเวณประตู 1 ถนนเลียบคลองสาม ก่อนนำสก๊อตเทปแบบพิเศษมาติดบริเวณที่เจ้าหน้าที่ตรวจค้นแล้ว เพื่อป้องกันการเคลื่อนย้ายของกลางและบุคคลภายนอกเข้าไปในบริเวณพื้นที่ เบื้องต้น เจ้าหน้าที่ใช้สก๊อตเทปชนิดพิเศษปิดอาคารฝ่ายสงฆ์ บนพื้นที่ 198 ไร่ จำนวน 15 แห่ง ซึ่งเป็นห้องที่วัดใช้เก็บวัสดุสิ่งของ
ถัดมาพ.ต.ต.วรณัน ศรีล้ำ ผอ.ศูนย์บริหารคดีพิเศษ ดีเอสไอ แถลงสรุปการตรวจค้นว่า หลังจากดีเอสไออายัดบริเวณอาคารดาวดึงส์ไว้ เนื่องจากพบอุปกรณ์ทางการแพทย์บางอย่างที่ยังมีข้อสงสัยอยู่ ก่อนประสานเจ้าหน้าที่อย.และสถาบันนิติวิทยาศาสตร์เข้าตรวจสอบการนำเข้า และการลงทะเบียนอุปกรณ์ รวมถึงเรื่องซีเรียลนัมเบอร์ เพื่อนำข้อมูลไปขยายผลหาเบาะแสบุคคลตามหมายจับ เบื้องต้นได้ข้อมูลจากเจ้าหน้าที่ว่าเป็นเครื่องอัดอากาศแรงดันสูง ปกติแล้วเครื่องนี้ จะใช้สำหรับเจ้าหน้าที่มนุษย์กบหรือคนที่มีอาการบาดเจ็บจากการดำน้ำลึก แต่สามารถใช้ทางการแพทย์ด้านอื่นได้ แต่คงต้องมีความชัดเจนจากอย.อีกครั้ง ว่าสามารถใช้กับผู้ป่วยประเภทใดบ้าง
พ.ต.ต.วรณันกล่าวอีกว่า ส่วนพื้นที่ โซนเอที่ได้ตรวจค้นไปแล้ว แต่เพื่อให้การปฏิบัติงานราบรื่น ได้กันพื้นที่ไว้บางส่วน ยกเว้นบริเวณปฏิบัติศาสนกิจของพระได้ผ่อนผันพื้นที่ไว้ ขณะที่ถังน้ำมัน 1 แสนลิตรที่ตรวจพบบริเวณโซนซีนั้น พบเป็นน้ำมันดีเซล 1 แสนลิตร และยังมีน้ำมันเบนซินอีกจำนวนหนึ่ง จึงประสานตำรวจพื้นที่และพลังงานจังหวัดเข้าตรวจสอบ โดยในวันที่ 19 ก.พ. เวลา 09.00 น. จะประชุมเจ้าหน้าที่เพื่อสรุปผลทำงานที่ผ่านมา พร้อมอาจปรับแผนปฏิบัติต่อไป
เมื่อถามว่าเจ้าหน้าที่ยังมั่นใจหรือไม่ว่าพระธัมมชโยยังอยู่ในพื้นที่ประกาศใช้ม.44 พ.ต.ต.วรณันกล่าวว่ายังมั่นใจว่าพระธัมมชโยยังอยู่ในพื้นที่นี้